日人向来重视《外台秘要》，尤其江户医学馆医家更是奉为至宝，而有感当时通行之本错误颇多，程氏校刊根据写本，“校勘不能精，学者颇有遗憾”。于是便挖掘秘宝，搜寻宋刻，后得纪藩医员竹田纯道家所藏，便请命校订，同时又请巧手影写两部。一部藏于枫山文库，后归内阁文库收藏至今。此影宋抄本卷帙完整，后并附《宋本 〈外台秘要方〉 考异》，影抄笔法逼真，接近宋刻。江户医学馆当时影抄校勘之后，曾希望由政府出资复刻，但由于当时著手刊刻《医心方》，以后便是江户医学馆衰落，接著赶上明治维新，所以刊刻《外台》之事便搁置起来。

台北故宫博物院藏本，此亦江户医学馆据竹田氏家藏本影写两部之一。先由医学馆所藏，明治维新期间落入市人之手。我国学者、藏书家杨守敬在日本访书，得到后带回中国。其得书始末在《日本访书志》卷十中论述颇详：立之又言，当新写此书时，立之方为医学校官，以五人分书之，越三年乃成，其费不赀。馀因立之言，先购得小岛学古校本，乃知明程衍道刊本，夺误凡千万言。因访之杉本仲温，据言纪藩之宋本不可见，枫山库之新本亦不可得，唯医学之一部，明治初散出，未知存于谁何之手，余乃嘱仲温物色之，久之以此本来，缺其末一册，盖以末册有题识，恐为其官所觉也。索价殊昂，馀以为此书宋椠，中土久绝，程本伪谬不可据，乃忍痛得之。每卷首有 “林亿等上进名衔”，卷末有 “裴宗元校正”，及赵子孟校勘名衔，或有 “右迪功郎张寔校勘” 字。影摹之精，下真宋刻一等，无怪立之言，以五人之力三年乃成也。末一册托书记官严谷修从枫山文库本补之，乃为完璧。此书为古方渊薮，晋唐逸籍，赖是以存。当吾世不乏寿世仁民之君子，当覆之以传也。

杨守敬从日本带回中国后，藏于其 “观海堂” 书楼，又转归故宫博物院。现藏于台北故宫博物院。

杨守敬题记
目录、校正外台秘要方序、外台秘要方序

卷一：伤寒上十二门
卷二：伤寒下二十一门
卷三：天行二十一门
卷四：温病及黄疸二十门
卷五：疟病一十五门
卷六：霍乱及呕吐二十九门
卷七：心痛心腹痛及寒疝三十二门
卷八：痰饮胃反噎鲠等三十门
卷九：欬嗽二十三门
卷十：肺痿肺气上气欬嗽二十八门
卷十一：消渴消中十八门
卷十二：癖及痃气积聚症瘕胸痹奔㹠三十八门
卷十三：骨蒸传尸鬼疰鬼魅二十六门
卷十四：中风上二十一门
卷十五：风狂及诸风下二十四门
卷十六：虚劳上四十九门
卷十七：虚劳下二十九门
卷十八：脚气上十二门
卷十九：脚气下十六门
卷二十：水病二十六门
卷二十一：眼疾二十四门
卷二十二：耳鼻牙齿唇口舌咽喉病五十六门
卷二十三：瘿瘤咽喉疬瘘二十八门
卷二十四：痈疽发背九门
卷二十五：痢三十三门
卷二十六：痔病阴病九虫等三十五门
卷二十七：淋并大小便难病二十七门
卷二十八：中恶蛊注自缢暍死一十八门
卷二十九：坠堕金疮等四十七门
卷三十：恶疾大风癞疮等二十三门
卷三十一：采药时节所出土地诸家丸散酒煎解诸毒等二十三门
卷三十二：面部面脂药头膏发鬓衣香澡豆等三十四门
卷三十三：妇人上三十七门
卷三十四：妇人下四十八门
卷三十五：小儿诸疾上三十六门
卷三十六：小儿诸疾下五十门
卷三十七：乳石论上一十九门
卷三十八：乳石下一十八门
卷三十九：明堂灸法七门
卷四十：虫兽伤触人及六畜疾三十二门

皇佑三年五月二十六日内降札子、后跋

卷末记：右從事郎充兩浙東路提舉茶塩司幹辨公事趙子孟校勘
或 右迪功郎充兩浙東路提舉茶塩司幹辨公事張 寔校勘